ワクチンの種類によっても異なりますが、発熱や接種部位の発赤・腫れ・しこり・発疹などが現れることがあります。通常、数日以内に自然に治るので心配の必要はありません。重い副反応（接種局所のひどい腫れ、高熱、ひきつけなどの症状）があったら、医師の診察を受けてください。
定期接種によって引き起こされた副反応により、生活に支障が出るような障害を残すなどの健康被害が生じた場合には、予防接種法に基づく給付を受けることだできます。
定期接種として定められた期間を外れて接種を希望する場合、予防接種法に基づかない接種（任意接種）として取り扱われます。その接種で健康被害を受けた場合は、独立行政法人医薬品医療機器総合機構法に基づく救済を受けることになります。